서울시 지하철9호선은 정부가 총공사비의 84%를 댔다. 민간사업자는 16%밖에 투자하지 않았다. 다른 요인들을 고려하지 않는다면 지하철9호선 운임은 다른 지하철 요금의 1/6 수준이어야 타당하다.

민자사업자는 다른 지하철요금과 같은 수준으로 기준요금을 정하겠다고 제안했다. 그런데 2005년 5월 서울시는 기준요금을 민간이 제안한 700원보다 43%나 올린 1000원으로 하는 실시협약을 체결했다. 실제요금은 기준운임에다 물가상승률과 실질운임상승률(3.41~1.49%)을 고려한 액수를 더해 결정하고 15년간 매년 인상하도록 했다.

이에 대해 경실련은 "이는 민자사업자에 대한 특혜이자 시민들에게 높은 비용을 지불하도록 해 막대한 피해를 입힌 행위"라고 비판했다. 서울시는 '아무런 문제가 없는 협약'이라는 입장이다.

서울시는 실시협약을 맺으며 민간사업자의 15% 고이자율 자금차입 계획을 승인해 또 다른 특혜 의혹을 낳았다. 감사원은 2011년 운영수입보장제도 감사에서 "민자사업자들이 별도의 위험성이 높은 사업 추진을 위해 고리로 자금을 차입한 것이 아니라, 주주들에게 투자수익을 배당형태로 조기에 지급할 목적으로 기존에 투자된 자본금을 투자지분 비율에 따라 후순위 차입금으로 명칭을 바꾸어 이자율을 고리로 산정했다"고 지적했다.

당시 경쟁을 벌였던 한 회사는 "로템컨소시엄이 타인자본 중 일부를 연 15% 고금리로 재무적 투자자들로부터 대출받는 것은 부당하다"며 "재무적 투자자에 대한 일종의 보상차원임이 분명하다"는 소송을 제기했다.

금융감독원 공시자료에 따르면 민자사업자인 서울시메트로9호선 주식회사는 2009년부터 2012년까지 15% 후순위채를 비롯해 이자비용으로 1455억원을 지출했다.

서울시 민자철도팀 한 관계자는 "(15% 고이자에 대해) 문제의식을 느끼고 있다. 그래서 민자사업 재구조화를 하려는 것"이라고 말했다.

서울시 메트로9호선 주식회사 한 관계자는 "다른 민자사업도 대부분 후순위채 금리가 높다"며 "이자비용은 장부상으로만 잡혀 있지 실제 지급한 것은 아니다"라고 특혜의혹을 부인했다.

경실련은 2012년 8월 실시협약을 체결한 이명박 당시 서울시장 등 16명을 업무상 배임혐의로 검찰에 고발했다.