미국의 마이크로소프트(MS)가 국내 세무당국(동수원세무서장)을 상대로 6300억원 가량의 법인세를 돌려달라고 낸 소송에서 대법원이 MS측 손을 들어준 원심 판결을 다시 하라고 돌려 보냈다.

국내에 등록되지 않은 해외 특허권 사용료에는 원칙적으로 세금을 부과할 수 없다는 MS측 주장을 인정하면서도 해당 사용료에 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 대가가 포함돼 있는지 다시 따져봐야 한다는 취지다. 환급 법인세가 다소 줄어들 가능성이 생겼다.

대법원 3부(주심 김재형 대법관)는 10일 MS와 MS라이센싱(MS의 100% 자회사)이 동수원세무서장을 상대로 낸 법인세 경정 거부처분 취소소송 상고심에서 MS측의 승소로 판단한 원심을 깨고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다.

MS는 2011년 삼성전자에 안드로이드 기반의 스마트폰·태블릿 사업에 필요한 특허 사용권을 주고 사용료(로열티)를 받는 계약을 체결했다. 삼성전자는 2012~2015년 MS라이선싱 계좌로 특허권 사용료 4조3582억원을 보냈고, 이 사용료가 국내원천소득에 해당한다고 판단해 세무당국에 MS측 법인세를 납부했다. 한미조세협약에 따라 전체 금액의 15%인 6537억원이 납부됐다.

그 후 MS는 2016년 동수원세무서에 '특허권 사용료 중 한국에 등록되지 않은 특허권 사용 대가는 국내 원천소득이 아닌 만큼 원천징수 세액을 환급해야 한다'고 경정 청구를 했다.

2015년 기준 총 5만4600여건인 MS의 전체 특허 중 국내에 등록된 특허는 1733건이었다. MS는 이를 토대로 원천징수세액 약 6537억원 가운데 6344억원을 돌려달라고 요구했다.

동수원세무서는 "국내에서 제조하고 판매에 사용한 대가에 해당하는 로열티는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당한다"며 경정거부처분을 내렸고, MS측은 국내 법원에 소송을 제기했다.

1심과 2심은 MS측 손을 들어줬다. 법인세법은 외국법인이 국내에 등록하지 않은 특허권에 대한 사용료도 국내 원천소득으로 보지만, 한미조세조약은 'MS가 한국에 등록하지 않은 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 볼 수 없다'고 본다. 국제조세조정법은 국내원천소득을 구분할 때 국내법보다 조세조약을 우선 적용한다고 규정하고 있다. 1·2심은 이에 따라 MS측에서 요구한 금액에서 국내 등록 특허권 부분 7억원을 덜어낸 6337억원에 대한 환급을 인정했다.

대법원 재판부도 외국 법인인 MS가 국내에서 등록하지 않은 특허권으로 받은 사용료는 국내원천소득으로 볼 수 없다는 원심 판단은 그대로 유지했다. 다만 재판부는 "원고(MS) 측은 이 사건 사용료에 특허권 이외의 다른 권리의 사용대가는 포함돼 있지 않다는 전제에서 경정청구를 했다"며 "피고(세무당국)는 원심에서 '사용료에 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 대가가 포함돼 있다'고 주장한 부분을 (원심은) 심리 판단했어야 한다"고 밝혔다.

아울러 1심과 2심은 특허권 사용료를 지급받은 주체가 MS가 아니므로 경정 청구권은 MS라이센싱에게만 있다고 봤으나 대법원은 "소득의 실질귀속자는 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다"며 MS도 청구가 가능하다는 판단을 내놨다.