신공항하이웨이가 서인천세무서장을 상대로 제기했던 100억원대 법인세 부과처분 취소 소송이 5년간 법정 공방 끝에 일부 금액 취소라는 결론으로 마무리됐다. 특히 쟁점이었던 ‘시스템 대체비용’의 성격과 감가상각 방식에 대해 대법원이 자본적 지출로 확정하면서 향후, 민간투자사업(MBIS) 관련 세무 처리 기준에도 영향을 미칠 전망이다.

17일 법조계에 따르면 서울고등법원 제1-1행정부(윤승은 부장판사)는 지난달 31일 환송 사건 판결에서 “세무서가 2023년 2월 신공항하이웨이에 대해 한 2017·2018사업연도 법인세 증액경정 중 일부가 정당한 상각범위액을 초과해 위법하다”며 2017년 3500만원, 2018년 3억6900만원 법인세 및 가산세만 취소했다. 나머지 과세 처분은 모두 적법하다고 판단했다.

이 사건은 애초 2014년부터 2018년 사업연도까지의 189억원 규모 법인세 부과처분을 다투는 것이었다. 가장 큰 세액 쟁점이었던 후순위 차입금 이자 문제는 항소심 도중 세무서가 직권 취소하면서 사실상 신공항하이웨이측이 승소한 상태에서 재판이 진행됐다. 남은 쟁점은 도로 운영 시스템 대체 비용 약 58억원의 감가상각 방식이었다.

신공항하이웨이는 신공항고속도로를 건설해 국가에 기부채납하는 대신 30년간 사회기반시설운영권을 설정받아 운영하는 민간투자사업자다. 세무당국은 신공항하이웨이가 단계적으로 교통·계측 시스템을 교체하면서 투입한 58억원 규모의 비용을 잘못 감가상각했다며 법인세를 경정·고지했다.

1심은 신공항하이웨이 승소였으나 대법원은 올해 2월 “시스템 교체비는 사용수익기부자산의 자본적 지출로, 잔여 사용수익기간에 따라 상각해야 한다”며 과세당국 손을 들어주고 사건을 고법으로 돌려보냈다.

대법원은 하이패스·계측 시스템 등에서 통행량 증가(2015년 435만대 → 2019년 3470만대)와 유지관리 효율 개선 등 경제적 이익이 커져 관리운영권의 가치가 현실적으로 증가했다고 보고 시스템 대체비용을 자본적 지출로 판단했다.

환송심에서 서울고법은 세무당국이 적용한 ‘잔여 사용수식기간 정액상각+폐기 시 일시상각’ 방식이 정당하다고 결론냈다. 다만 세무서가 2017·2018년 세액을 재계산하는 과정에서 일부 산정 오류가 있었던 만큼 해당 증액분만 취소했다.

이번 판결은 민간투자도로 등 사회기반시설 민자사업에서 시스템 교체 비용의 감가상각 기준을 법원이 제시했다는 점에서 세무·회계 실무에서 파급력을 가질 것으로 보인다.

박광철 기자 pkcheol@naeil.com