감사원이 국가전략기술사업화시설에 대한 추가 세액공제 기준이 지방국세청과 법인별로 다르게 적용되고 있는 사실을 적발하고 기준을 명확히 할 것을 통보했다. 또 배우자공제를 과다 적용해 상속세를 부족 징수한 대구지방국세청 직원에게 징계를 요구했다.

감사원은 9일 이같은 내용의 ‘대구지방국세청 정기감사’ 보고서를 공개했다.

보고서에 따르면 감사원이 대구지방국세청에 대한 감사기간 중 2021~2023사업연도 귀속 국가전략투자 종합투자세액공제를 신청한 11개 법인을 대상으로 추가공제의 적정여부를 점검해본 결과 같은 법령에 근거하고 있는데도 각각 다른 산정기준을 적용하고 있는 것으로 파악됐다.

국가전략기술사업화시설에 대한 투자세액공제는 직전 3개년 평균보다 국가전략기술사업화시설에 더 많이 투자한 금액에 대해 기본공제 외 추가공제를 해주는 제도로 2021년 7월 신설됐다.

감사 결과 A업체는 직전 3개년 평균투자액 대비 초과투자액을 산정하면서 일반투자와 국가전략투자를 구분한 반면, B업체와 C업체는 일반투자와 국가전략투자를 통합해 산정한 것으로 파악됐다. 이에 따라 A업체는 일반투자가 직전 3년 평균보다 줄었음에도 국가전략투자 초과분만 적용해 72억원의 추가 세액공제를 받았다. 반면 B업체는 국가전략투자액이 251억원 늘었으나 일반투자가 149억원 감소한 것까지 합산돼 4억1000만원의 추가 공제를 받는데 그쳤다.

또 업체들이 2022년 사업연도 세액공제 신청시 2021년 7~12월 투자액을 직전 3개년 평균투자액으로 환산하는 과정에서 6개월, 12개월, 36개월로 나누는 등 제각각 다른 기준을 적용한 것으로 조사됐다.

시행령에서는 직전 3년 투자액이 없는 경우 추가공제가 없도록 했지만 일부 업체들은 제도 도입 전인 2021년 6월 이전 미인증이나 유사투자는 있다는 사유로 추가공제를 신청하기도 했다.

이처럼 업체마다 제각각 다른 방식으로 국가전략투자 추가 세액공제를 신청하고 있었는데도 대구청은 같은 부서에서 처리하면서도 이를 모두 정당한 것으로 인정하거나 수정신고 안내 등 없이 그대로 두고 있었다.

감사원이 나머지 6개 지방국세청을 대상으로 추가 분석한 결과도 마찬가지였다.

이에 따라 감사원은 재정경제부 장관과 국체청장에게 국가전략기술사업화시설에 대한 통합투자세액공제 추가공제금액 산출기준 등을 명확히 하고 그 기준에 따라 부당하게 적용·신청된 세액공제액을 추징·환급하는 방안을 마련하라고 통보했다.

감사원은 이와 함께 대구청이 배우자 법정 상속분을 잘못 적용해 부족 징수된 상속세 7억원을 추징하는 방안을 마련하도록 통보하고 관련자 1명에게 징계, 다른 1명에겐 주의를 요구했다.

이들은 상속인이 규정대로 상속포기자 4명을 포함해 배우자 법정 상속분을 정상적으로 신고했는데도 법령이나 신고서를 제대로 확인하지 않은 채 상속포기자를 제외하고 배우자 법정 상속분을 적용해 배우자공제액이 14억원 과다 반영되는 결과를 초래했다.

감사원은 이밖에 부산지방국세청이 부동산과다보유법인의 과점주주가 법인주식 50% 이상 양도한 경우 누진세율(6~45%)을 적용해야 하는데도 25%의 단일세율을 적용한 신고내용을 그대로 인정한 사실을 적발하고 관련자 2명에게 주의를 요구하는 한편 부족징수한 308억여원의 추징방안을 마련할 것을 통보했다.

구본홍 기자 bhkoo@naeil.com