기업은행이 전산시스템 위탁개발에 투입된 390억원대 연구·인력개발비에 대해 세무당국이 세액공제를 해 주지 않은 것은 부당하다며 소송을 냈으나 1심에 이어 2심에서도 패소했다.

20일 법조계에 따르면 서울고등법원 행정11-2부(윤종구 부장판사)는 기업은행이 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세경정청구 거부처분 취소소송에 대한 항소심에서 1심과 같이 원고 패소로 지난 15일 판결했다.

기업은행은 2013~2015년 정보기술 기반 서비스 차별화 등을 통해 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위해 차세대 전산시스템을 위탁해 개발했다. 법령은 연구·인력개발이 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 기여한 경우 그 비용에 대해 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 정한다.

이에 기업은행은 2019년 4월 연구·인력개발비가 세액공제 적용대상에 해당한다고 주장하며 2013~2015 사업연도 법인세 약 391억9300만원의 환급을 구하는 경정청구를 했다. 하지만 2020년 6월 세무당국이 이를 거부하자 행정소송을 제기했다.

2심 재판부는 “이 사건 전산시스템 위탁개발은 과학기술 분야의 지식을 축적하거나 창조적인 활동으로서 새로운 제품 또는 시험 등을 위한 활동으로 볼 수 없어 세액공제대상이 아니다”며 “이 사건 처분은 적법하다”고 짚었다.

이어 “원고의 전산시스템은 정보기술(IT) 기반 서비스 차별화, 사용자 편의성 강화 등을 통해 더 나은 고객 서비스 제공을 위한 것”이라며 “이미 개발돼 있는 정보기술을 활용한 것으로, 독자적으로 개발된 것으로 인정하기에 부족하다”고 지적했다. 그러면서 “원고가 은행업 업무를 처리하는 메커니즘에 근본적인 변화를 가져온 것으로 보기 어렵다”고 밝혔다.

앞서 1심도 “이 사건은 과학기술분야의 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다고 볼 만한 증거가 없다”며 원고의 청구를 기각했다.

서원호 기자 os@naeil.com