현행 부동산 양도소득세 장기보유특별공제(장특공제) 제도가 수도권의 초고가 주택 보유자에게 혜택이 집중돼 있어 도입 취지와 달리 과세 형평성을 저해한다는 지적이 제기되고 있다. 특히 20년 이상 주택을 보유한 초장기 보유자가 전체 공제 혜택의 절반 이상을 차지하고 있는 것으로 나타나 세제 개편 필요성에 힘이 실리고 있다.

29일 나라살림연구소가 발표한 ‘고가주택 장기보유특별공제 예정신고 통계 분석’ 보고서에 따르면 장특공제 혜택의 상당 부분은 자산가치가 급등한 초고가 주택 보유자에게 돌아가는 것으로 나타났다. 2024년 기준 공제 혜택(총 5조원)의 52.3%가 건수로는 17.3%에 불과한 20년 이상 초장기 보유자에게 집중됐다. 이는 단순히 이들의 공제율이 높아서가 아니라 오래 보유할수록 집값 자체가 급격히 오르기 때문이다. 실제로 20년 이상 보유자의 건당 양도차익은 17억300만원으로, 10년 미만 보유자의 3.2배에 달하는 것으로 분석됐다.

지역별 편중 현상도 심각하다.

전체 장특공제 금액의 90.0%가 서울에, 98.0%가 수도권에 쏠려 있으며, 서울의 실질공제율은 62.3%로 지방의 50.3%를 크게 상회했다. 이는 수도권일수록 양도가액이 높아 과세대상 차익 비중과 공제율이 동시에 높아지는 구조적 특징이 중첩된 결과다.

반면 제도의 본래 취지인 장기 보유 유도 및 매물잠김 방지 효과는 미미한 수준에 그치고 있다.

2024년 고가주택 양도 건수 중 58.9%인 1만4626건이 보유기간 공제 상한인 10년을 채우지 못한 채 매도됐다. 5년 미만 보유자도 20.4%에 달해, 현행 제도가 장기 보유를 강력히 유인하기보다 단기 매도자에게도 혜택을 부여하는 방식으로 작동하고 있는 것으로 분석됐다. 나라살림연구소는 “보유기간 공제는 도입 취지와 형평성을 감안한 재설계가 필요하다”고 밝혔다.

현재 국회에는 공제 구조를 비율 방식에서 정액 세액공제 방식(1인당 평생 2억원 한도)으로 전환하거나 보유 기간별 공제율을 없애고 거주 기간별 공제를 적용하자는 내용의 소득세법 개정안이 각각 발의된 상태다.

박소원 기자 hopepark@naeil.com